海都之乱发生在元朝初年，整整持续了38年才被平定。当时西北宗王海都认为忽必烈已经彻底汉化，所以借恢复蒙古游牧本性的名义，联合其他藩王实行叛乱。当时忽必烈手上的大军依然要强于海都联盟，为何海都之乱还是持续了如此之久呢?实际上还是因为以海都为首的联盟实力范围太广，其中还有钦察汗国和八剌的加入，忽必烈想要将他们全部平定，势必会是一场持久战。
在大多数人印象中，蒙古帝国以及由它衍生出来的元朝实力非常强大，足以扫平当时的一切挑战者。然而，元朝在忽必烈统治时期虽然完成了征服南宋，统一中国的大业，但对于发生在其帝国内部的一场叛乱却手足无措，那就是在元朝历史上大名鼎鼎的“海都之乱”。
海都是蒙古帝国第二任大汗窝阔台之孙、合失(窝阔台第五子)之子。成吉思汗生前将他的第三子窝阔台指定为汗位继承人，并且声明只要窝阔台还有一个吃奶的后代，都比其他人拥有优先继承权。可事实却是，蒙古帝国的大汗宝座只在窝阔台家族中传承了两代人，之后就被托雷(成吉思汗第四子)的长子蒙哥夺走了。
为了防止窝阔台家族复辟，蒙哥用铁腕手段对窝阔台家族成员进行了“大清洗”，前任大汗贵由的两个儿子(孛儿只斤·忽察、孛儿只斤·脑忽)和弟弟(孛儿只斤·失烈门)以及他们的众多支持者一律被处死。剩余一些地位不太重要的窝阔台家族成员被安排迁移到了中亚，其中就包括了后来创建窝阔台汗国的海都。
海都被迁移到了海押力(今哈萨克斯坦塔尔迪·库尔干尔)，虽然此处在名义上是他的封地，但却时刻处于蒙哥派来使者的监视之中。对海都而言，蒙哥以及整个托雷家族的成员都是他不共戴天的仇人，然而由于实力相差太过悬殊，所以他只好将仇恨隐藏在心中。
经过几年蛰伏，海都在中亚地区发展了自己的势力。1256年，海都逮捕了一个蒙哥派来的使者，这是他第一次表达了对帝国权力的藐视。当时蒙哥正致力于准备即将到来的针对宋朝的战争，因此无暇对海都的冒犯之举做出回应。事实证明，蒙哥的这次纵容后来给蒙古帝国带来了非常严重的后果。
1259年，蒙哥在亲征南宋时意外离世，之后蒙古帝国陷入了以忽必烈和阿里不哥为首的汗位之争中。海都尽其所能促使争端走向极端化，他希望托雷家族能因此次汗位之争导致彻底崩溃。然而随着忽必烈的胜出，海都的图谋落空了。不过，他并没有对忽必烈表示臣服之意，反而是以窝阔台汗国创立人的身份公然向忽必烈发起挑战。
当时忽必烈掌控着蒙古帝国的大部分疆土，而海都的窝阔台汗国只是位于额尔齐斯河上游和巴尔喀什湖以东的一小片地区。乍看之下，双方国力相差非常悬殊。然而，忽必烈花十几年时间征服了南宋，但却终其一生都没能成功制服海都和他的窝阔台汗国。期间，忽必烈派他的儿子那木罕率军去讨伐海都，结果那木罕自己都成了海都的俘虏。究竟是什么原因让小小的窝阔台汗国拥有如此顽强的生命力呢?
原来，海都的地盘虽然很小，但他本人却代表了蒙古游牧民族的利益。海都喜欢游牧生活，他的住所是没有固定地点的营帐。对许多怀旧的蒙古人来说，海都才是蒙古传统的捍卫者。相比之下，居住在繁华都市宫廷中的忽必烈在这些传统蒙古人眼中，更像是一个背叛者。因此，海都在中亚地区拥有大批支持者。他们在中亚组建了一个由蒙古宗王组成的反忽必烈联盟，由海都出任盟主。
为了征讨海都，忽必烈也可谓是费尽心力。他不仅把自己的儿子都给搭上了，还派出可能是那个时代最优秀的将领伯颜前去营救儿子。可是，海都的军队充分发挥了游击战的优势，一旦发现对手在数量上拥有较大优势，他们就立即撤退到熟悉的草原或沙漠里。无论是那木罕还是伯颜，都对这种游击战感到手足无措。
最终，忽必烈不得不承认海都是中亚地区的实际统治者。他下令让军队退到易于防守的定居点，勉强容忍海都在农耕地区之外自由地统治。即便如此，他的补给线还是经常受到海都及其盟友的袭击。
1301年，海都率部攻打元朝，结果在蒙古帝国原首都哈拉和林附近被元武宗(元朝第三任皇帝，忽必烈曾孙)的军队击败，海都在撤退途中去世。五年后，海都之子察八儿向元朝投降。历时近半个世纪的“海都之乱”终于被平息。
