台湾，在16世纪的中国史籍里还默默无闻。那里的人民“聚落星散”、“聚族而居”，生产力落后，社会状态处于原始公社制的转型期。17世纪后，国内外一些海盗以台湾为萃薮之所，海商在跨海贩运时以台湾为中转补给，还有人从福建等地迁徙而入，进行开发建设，于是渐有起色。崇祯元年（1624），荷兰殖民者侵占台湾，长达38年，这时，它在东亚的海外贸易地位有了显著提升。
1644年，清朝入关，与南明征战长达18年。台湾在清政府、郑氏集团、荷兰殖民者三方作用下，一再表现出它战略地位的重要性、特殊性。三方时而联合，时而分裂，时而谈了又打，时而打了又谈，围绕着对台湾的攻取和弃留问题，进行过谈判、辩论和交锋。随着明清胜负战局的变化，随着荷兰的介入和退出，三方对台湾的战略地位的认识也不断调整，策略不断变化，直到清朝获得全面胜利，将台湾统一后，纳入直接管辖。
说到明末清初的台湾，一定要提到活跃在东南沿海的郑氏集团。清朝入关后，忠于明朝的各派势力与之展开激烈角逐。其中郑氏集团是持续时间最长声誉最隆的抗清武装力量。郑氏集团历经郑芝龙、郑成功、郑经、郑克塽四代近60年，驰骋中国东南沿海和台湾，尤以郑成功抗清和收复台湾而名震天下。这支武装能由小到大，由弱变强，受挫后仍长期存在，这和17世纪台湾的地位与作用密不可分。
另外还必须提到荷兰殖民者。17世纪上半叶，当明清还在山海关外交兵的时候，当郑氏集团在东南沿海迅速崛起的时候，荷兰殖民者已经窃据台湾。荷兰东印度公司在台湾从事殖民活动和开发，把台湾打造成东亚地区海外贸易的中转站，“商务冠于东洋”。荷兰殖民者主要将大陆的生丝、瓷器等商品，从这里转口到日本、巴达维亚、欧洲等地销售，或者将胡椒、香料等经此运往中国大陆，从中赚取可观的利润。
荷兰与郑芝龙的关系即相互竞争，又彼此依赖。双方为了争夺海外市场，曾经发生过激烈的战斗。崇祯元年（1628），郑芝龙接受明朝诏安，依官府为后盾势力大涨，荷兰无力歼灭，便开始和郑芝龙联合。荷兰在台湾从事转口贸易，在货源和销售渠道等方面，都离不开大陆商人协助，这是双方依存的基础。关于台湾，郑芝龙在福建巡抚熊文灿的支持下，曾招募数万福建饥民入台，目的是缓解福建的紧张局势；而荷兰殖民当局也极力招徕大陆移民，从事农业、渔业和商业，目的是繁荣台湾经济，增加荷兰东印度公司的收入。因此，双方在开发台湾土地，促进人口增长等方面，客观上都起到过积极作用。
顺治三年（1646），清军打到福建，郑芝龙降清。郑成功与之分道扬镳，他用十年左右时间，不但成为郑氏集团的首领，而且成为南明在东南沿海抗击清军的统帅。到顺治十六年（1659）北征南京时，郑成功的力量达到全盛，兵力最多时有三、四十万人。郑军的特点是水师强，步骑弱，可以纵横海上，却很难深入内地。要维持这样庞大的舟师、人马，必须要有大量的经费和各种物资，但仅限郑成功所据的闽南、粤东地区，肯定无力解决。他们想方设法发挥优势，向海洋索取各种军费和作战物资。而荷据台湾在这方面发挥了一定作用，间接支持了郑氏集团的抗清斗争。
例如郑成功在与荷兰东印度公司的商业竞争中，曾封闭过对台贸易，即禁止各国商船航行于大陆和台湾之间。这迫使荷方在顺治十四年（1657）作出决定，派遣谈判代表何斌前往厦门拜见郑成功，商谈恢复对台贸易之事。何斌是郑芝龙从前的部将，在荷兰殖民政府中担任通事，是管理台湾汉人的重要人物。谈判的结果是台湾向郑成功保证：每年输送税饷五千两，箭柸十万支，硫磺千担，这样，郑成功同意对台复航。在双方谈判中，何斌暗中相助郑成功，使得郑氏对大陆与台湾之间的商船，获取在装货地收税的特许权。于是，何斌就在台湾为郑氏代收一切出口的猎物税、鱼税、虾税、糖税及其货物税。这笔钱到底有多少最终归入郑氏，还不太清楚，但至少说明，郑氏集团对台湾保持了强大的影响力，可以获得相应的物资回报，也迫使荷方对郑氏保持低调的顺服。
在清朝入关后与南明作战期间，台湾为荷兰殖民者所盘踞，它发挥的作用就是为郑氏集团提供军需和经费，使得郑军能够得到保障继续作战。但是，荷兰殖民者时刻担心郑军用武力强取台湾，为了减缓郑成功的军事压力，他们也联络清廷，曾经派员到达广州和北京，商谈贸易和军事结盟之事。顺治十三年（1656），清朝承认了双方的朝贡关系，但只允许他们八年参加一次朝贡，来人不能过百，也“不得于广东海上私自货卖”，这样就极大限制了双方的海上贸易关系，断绝了军事联盟的可能性。
顺治十六年（1659），郑成功在北征南京时遭到惨败，十年之积累化为灰烬，江南士民的期盼从此泯灭。这导致明清对抗格局的根本改变，进而影响到台湾在战争格局中的作用。郑成功势力大损后，连他的大本营金门、厦门也遭到清军进攻，因为感到“地蹙军孤”，于是筹划进攻台湾。郑成功收复台湾与明清战争之间的关系，用他自己的话说就是“本藩矢志恢复，念切中兴。曩者出师北讨，未奏肤功，故率我将士，冒波涛，欲辟不服之地，暂寄军旅，养晦待时，非敢贪恋海外，苟延安乐也。”郑成功的理想打算就是，据有台湾后，可以连金厦而抚诸岛，然后广通四海，训练兵卒，进可战而复中原，退可守而无后忧。因此收复台湾，便成为郑成功为抗清斗争而极力争取的稳固根据地。
顺治十九年（1662）四月到六月，距郑成功复克台湾不到一年，他因病去世，南明永历帝（朱由榔）及其太子、晋王李定国也相继离开人世，这标志着南明复兴力量的彻底断送，也是明清军事对抗的终结。之后不久，郑氏集团所据金门、厦门、铜山等地，在清军的大举进攻下纷纷失守，郑氏集团遁入台湾，从此隔海峡与清朝对抗。
一般认为，南明小朝廷至此已经终结，但由于郑经在台湾仍沿用永历年号，这就使清朝在完成全国统一和颠覆前朝政权的夙愿，未能彻底实现。郑氏集团仍能孤悬台湾，全赖地理位置特殊，而清军水师较弱，几次出兵，皆无功而返。因此，台湾和大陆代表着两个政权隔海对峙，长达20年。如果说清朝在入关后，江南士民拥立在南明旗帜下奋起抵抗，还有反抗民族压迫的性质，那么到了康熙时期，清朝发兵进攻台湾，颠覆郑氏集团，则完全是封建统治阶级中不同集团的矛盾对立。
清朝完成平定“三藩之乱”后，这时能够腾出手，对占据台湾的郑氏集团进行最后一击。这段时间，荷兰与清朝试图联盟，但有时是荷兰希望借助清朝力量消灭郑氏，重返台湾，有时是清廷要求荷兰出兵，合力打败郑氏。双方曾联合作战，迫使郑经弃守金厦二岛，全部败退台湾。但荷方的最终意图是先消灭台湾的郑军，而清军的愿望是清除郑氏在大陆的势力，最后双方因为战略意图有差等原因，联合出兵之事最终不了了之。
康熙二十二年（1683），康熙帝派遣水师大将施琅收复台湾，统一中国，这为中华民族的统一和发展作出了重大贡献。但就最高统治者决策出兵而论，主要目的是颠覆代表南明的郑氏集团，而非瞩目于台湾，将其纳入中华版图。
施琅在澎湖击败郑氏水师，迫使郑克塽献土而降，清廷关于台湾的弃留问题，在高层展开了激烈的争论。“众以留恐无益，弃虞有害，各议不一。”放弃派主要担心台湾地瘠民贫，派兵据守多达万人，徒靡军费。在这个问题上，施琅决意主留，并给康熙帝上疏，恭陈台湾的弃留问题。他从台湾地理位置重要性、物产之富庶、弃台之弊端等方面，力陈必须坚守台湾。尤其他认为，如果荷兰殖民者再得台湾“数千里之膏腴，附其依泊，必倡合党伙，窃窥边场，逼近门庭，乃种祸后来。沿海诸省，断难晏然无虞。”这种远见卓识，最终说服了康熙帝。
康熙二十三年（1684），清朝在台湾设立一府三县，隶属福建，最终确定了台湾是中国领土不可分割的一部分。
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