1762年，清政府在新疆设伊犁将军，作为这一地区的最高军事行政长官，集军事、行政权力于一身，统辖全疆事务。之后，又在伊犁将军下设都统，及分驻各地的参赞大臣。这一管理模式当时称为军府制，同时清政府又将内地的官制体系和行政理念推行至这一地区。但另一方面，对于维吾尔聚居地区原有的伯克（对官吏的泛称）制度，中央政府仍予以认可。不过，在保留这一制度的同时，又参照内地官制对其进行了改造，规定了伯克的品秩、职掌、回避、升迁、休致等制度，同时禁止伯克世袭。于是，以伯克制度为代表的新疆原有行政制度与行政法规经过改造，被纳入到清政府法定的行政管理体系之中。
在具体运用法律治理新疆的过程中，清政府一方面坚持以国法大清律为主体法律框架，规定立法权与重大刑事案件的司法权都要由中央政府统一行使，其他任何法律法规均不得与大清律相抵触；另一方面，在法制统一的前提下，“从俗从宜，各安其习”，清政府对于当地原有的宗教信仰、民族习惯等给予了相当程度的宽容。其中，《回疆则例》正是由中央政府专门颁布，施行于新疆地区的单行法规。在《回疆则例》中处处体现了清政府的上述指导思想，彰显了求同存异、追求各民族和谐共处的施政理念，为治理新疆和维护新疆的稳定起到了重要作用。
新疆的维吾尔族信仰伊斯兰教，尊奉真主，谨守伊斯兰教法，当地的阿訇（亦称阿浑，是对担任伊斯兰教职人员的通称）有着广泛的社会影响。针对民族地区的这一特殊情况，清政府采取了较为宽松的宗教信仰政策，诚如《中国经营西域史》所言，“对其宗教纯取放任，不加干涉，教民仍诵经礼拜，沿用回教历书”，对待阿訇也是优礼有加。与此同时，为防止以阿訇为代表的宗教势力干政，清政府推行了政教分离政策，禁止阿訇干涉伯克事务，更不得兼任伯克。其后，阿訇的任免权也收归中央政府。如《回疆则例》规定：“凡阿訇出秩，要由伯克向该管大臣审荐，由大臣统一点充。”更具历史意义的是，清政府在统一新疆后，本着国家法制统一的原则，开始将大清律推行到这一地区，并将这一地区原有的伊斯兰教法与大清律进行了整合。
在刑事法律方面，清政府采取区别对待的方针。对危及清政府统治、破坏社会秩序、违反儒家伦理道德的严重刑事犯罪，严格依据大清律惩处。如对“谋反”、“谋叛”等在大清律中属“十恶”的重罪，一概依大清律处理，即使是对当地最高首领也不例外。到咸丰、同治年间，清政府进而直接废止按伊斯兰教法来处理死刑犯罪，如同治元年规定，“办理斩、绞各犯……均着照律定拟，所有查经议罪一节，着永远禁止。”而对于一般刑事犯罪，只要不与大清律相冲突，均可适用伊斯兰教法来惩处，通常可以直接交由伯克衙门办理。如乾隆《清高宗实录》指出：“办理回众事务，宜因其性情风俗而利导之，非尽可以内地之法治也。”由此可见，将大清律与伊斯兰教法有机结合起来，这是清代新疆刑法体系的最大特点。
在民事法律方面，清政府主要是依照伊斯兰教法，但也有所调整。如清政府认可了当地阿訇证婚制、有限制多妻制、塔拉克休妻制及女子待婚期的规定，这充分体现了清政府对当地伊斯兰法律文化的尊重。有清一代，维族父系家庭中一人聘娶四妻者有之，但并不受政府鼓励；一般家庭仍是单偶婚从夫居的一夫一妻制。除“同出”或“共乳”者不得婚配外，婚域较宽而少有限制。另外，离婚也相对较为自由，如《西域闻见录》就有“夫妇不和，随时皆可离异”的记载。
在经济法律方面，清政府为奠定统治新疆的经济基础，制定了一系列有关商业贸易、赋役制度及钱币的铸造与发行等方面的管理制度。在原有旧制的基础上，颁行新的法规加以完善。如沿用旧的商税后不久就降低了该税率。后《回疆则例》又规定“回疆藩夷进卡，一体免税”，“回疆赴外藩勒限给票”。在铸币方面仍采用回疆原有的红铜铸制，但钱币形制上是中原圆形方孔式，币面既铸有清帝年号，又用回文铸上地名，币制单位同时使用“文”和“腾格”。与此同时，在中央立法的基础上，也认可伊斯兰法的相关内容，如对自耕农土地征收“什一税”就是一例。
在司法制度方面，新疆司法体系呈现出多元化特点。具体说来，清政府的官衙与当地的伯克衙门和宗教法庭这三种不同的司法机构同时并存。其中，清政府官衙即军府衙门，凡遇死刑案件，当地伯克衙门无权处理，须报军府衙门处理，还要转奏大清皇帝批准。伯克衙门则具有行政、司法双重职能，伯克中除最高伯克阿奇木伯克总管各项事务外，还有专门负责司法事务的哈子伯克。《回疆则例》对此有明确规定，这一内容也与大清律所代表的行政、司法合一的体系相吻合。在具体适用法律上，伯克除适用伊斯兰教法外，也须遵行《回疆则例》。《回疆则例》明确规定：“阿奇木伯克不得私理刑讯重案”，“如遇刑讯重案，阿奇木伯克不得滥设夹棍、杠子、擅自受理，随时禀明本管大臣，听候委员会同审办”，最后报伊犁将军复核报请理藩院备案。由此可见，所有重案的终审权均由中央政府行使。而对于回疆穆斯林间的民事纠纷，据《新疆回部志》载，清统一新疆前，“惟听阿浑看经论定，伯克及犯者无不服”。清统一新疆后，阿訇虽不能干预行政事务，但是清政府并不禁止阿訇为居民处理日常纠纷。
从上述情况来看，清政府在新疆地区所推行的法律制度，既充分考虑了民族地区的特点，又顺利地推行了中央政府的政令法规，充分体现出清代民族政策的灵活性与宽容性。这一成功的范例既集中反映了清中央政府在治理新疆地区的权威，又对新疆民族地区的稳定与发展起到了积极的促进作用。
（资料来源：光明日报2010-04-13）
