一、叙事主体问题
清史自然应以清朝为叙事主体，但清史不应简化为清朝政府史，更不应回归为帝王将相史。清史是清朝统治期间中国社会的整体历史，理应包括中国社会发展变化过程中的基本脉络与全部内容。太平天国是清朝、也是中国历史上规模最大且水平最高的一次农民战争，对于清朝的衰亡具有极为明显的深远影响，因此理应放在重要的位置上给以足够丰富的客观陈述。如果把叙事主体误解为编纂者的立场与视角，那就会混同于《平定粤寇纪略》，当然也不能疏离清史编纂体例，写成独立的太平天国史。
但是，由于太平天国从一开始就有推翻清朝并建立自己国家的奋斗目标，永安期间已有政权雏形，定都天京以后更具完备的国家形态，这就带来若干令人困惑的问题。很明显，太平天国与清王朝之间是你死我活的争夺中国完整统治权斗争，因此不可能存在相对稳定的“一国两治”，即两个敌对政权之间的长期共存，哪怕是短暂的存在。同时，清朝与太平天国对中国疆域的认知基本上是相同的，而且所追求的又都是独立统治全中国，因此又不可理解为两个中国。再则就是清朝与太平天国之间统治的地区往往是犬牙交错，你中有我，我中有你，加以双方战线很长，流动性更大，很难形成较清晰的政治版图具体印象，更增添了不少陈述与判断的困难。
对于这些问题的理解，虽然不必写进主体清史，但可能仍需作必要的讨论与澄清，以利于编纂工作的总体把握。
二、是非功过问题
王船山曾经说过：“论人之衡有三：正邪也，是非也，功罪也。”此三衡亦适用于太平天国，为表述方便，先说是非功过。
是非能上历史台面的都是大是大非。就大是大非而言，问题非常清晰，即所谓“造反有理”。实际上也并非所有的造反都有理，要看是造谁的反。清季咸同年间，统治者愈益走向昏庸，对外难以抗御列强入侵，对内横征暴敛激发民怨沸腾。太平天国从总体来说仍属“官逼民反”，实乃民族矛盾与社会矛盾交相激化的结果。民众奋起反抗清朝的暴虐统治，仅此一点即可肯定其为“是”。
但是功过则相对难言。其所以难，是由于历史记忆从来不利于失败者，“成则为王，败者为寇”，失败者被妖魔化乃是常见的共同结局。就太平天国而言，虽然较优胜于历次失败的农民战争，既有自身大量文献的遗存，又不乏若干比较客观乃至有所同情的客观论述。加以孙中山从一开始就把洪杨革命看作自己的前驱，所以民国时期对于太平天国史料的搜求与研究亦有显著的成效。然而，从有关太平天国的历史文献总体而言，仍然是负面论述占绝大部分，正面论述占小部分；而正面论述之稍具体且可作为论述依据者尤属凤毛麟角。这就给我们进行功过判断带来较大困难。
同时，对功过判断的标准存在着误区。农民战争如果说有功，主要表现在哪里？我认为主要是破坏，反抗就是破坏，暴力反抗更多的是破坏。太平天国尽管在定都南京以后颇有开国气象，在政治、经济、文化乃至外交诸方面都有一定的建树，但其主要工作仍然是战争，太平天国可以说是14年与战争始终相伴，在战争中兴起也在战争中衰亡。太平天国并不太平，他们虽然期望在人间建立幸福美好的天国，但由于始终处于清朝围困与镇压之中，所以最终也只能留下一部战争史或战乱史。在这样的情况下，我们很难要求他们在浴血奋战之余营造偏安于江南的局部盛世景象。
事非经过不知难。孙中山就很懂得革命建国的困难，早在1912年4月他已感到某些无奈：“现在人民每谓共和不如专制，不知共和的结果，须在10年以后。譬如生子虽好，反哺必在二十年以后，不若产下数月，即望食报可乎？”[1]以孙中山思想理论之卓越，以同盟会纲领之完备，以民国初年政府人才之济济，尚且有如此深沉的慨叹，后世之人又有什么充足理由对旧式农民战争作过高的不切实际的政绩要求？
太平天国的破坏之功，主要表现在对清朝统治的勇敢挑战与沉重打击，其影响不仅表现于当时而且更为彰显于事后。同治六年（1867）
19世纪60年代，清朝虽然经历两次鸦片战争的失败，但在镇压民众反抗的范围内仍然属于强势的一方。太平天国的崛起，使清朝彻底暴露其外强中干的虚弱。太平军从金田起义到定都天京，到西征北伐，纵横驰骋，如入无人之境。清王朝长期恃为干城的八旗、绿营已经成为不堪一击的朽物，于是只有借助地方武装，借助各地汉族知识精英组织的新兴团练（以后发展为成建制的湘、淮诸军），来维持自己摇摇欲坠的统治，并且逐个镇压、平定各地各族人民起义。太平天国的覆灭标志着国内大动荡局势的暂时结束，并且让清朝政府赢得20年的短暂相对安定，可以腾出手来推行所谓“同光新政”。但清王朝为此所付出的代价也是极为巨大的，清军有生力量的损失惨重，多年战争造成的经济与财政上消耗也是难以估算，而更为重要的是政治重心的下移外倾，中央政府的趋于虚弱，已使“外强中干”有了新的含义。这是一个无可逆转的发展趋势，洋务新政的实施加强了这个趋势，从东南自行互保到辛亥各省独立，实乃水到渠成，势所必至。由此更可以看清赵烈文所谓不出五十年而抽心一烂、土崩瓦解、九州无主、人自为政的预言是多么具有前瞻性！
历史前进总是由于多向度合力的推动，因此不能孤立地过分夸大太平天国的作用，但太平天国毕竟是推动诸力中较大之一股。
太平天国对各地反动势力的扫荡，是否触动固有的生产关系（如土地占有、人身依附等），乃至苏浙省等地区的某些政策措施是否有利于工商业的发展等等，都是需要深入进行探讨的重要问题，不宜作简单化的推理论断。
总之，对于太平天国的功过应作实事求是的客观陈述，既不必溢美，更不宜苛求。
三、有关邪教争论
宗教区分正邪是一个十分复杂的问题。
基督教的办法曾经非常简便，就是由教廷说了算；但只有异端与异端分子之称，并无邪教的说法。从12世纪下半叶开始，西欧各国世俗政权已有制裁异端之举，并且得到几位教皇的认可。1220年教皇洪诺留三世通令组建异端裁判所（Inquisition），也可译为宗教裁判所或宗教法庭，其后法、比、意、西等国先后成立。裁判所以教皇为最高首脑，裁判官由教皇任命且不受地方教会与世俗政权的制约。裁判所不仅残酷迫害宗教界的“异端分子”或“异端嫌疑人”，而且还迫害其他反对封建势力的进步人士，包括进步思想家和自然科学家。异端裁判所已成为欧洲中世纪所谓“千年黑暗”的重要标志，它随着教皇权势的下降而逐渐衰落，到19世纪末20世纪初即销声匿迹。
“邪教”是中国历史文献上的固有名词，但正如
至于现时人们对“邪教”的定义，即邪教对正常社会秩序造成严重威胁和破坏，是披着宗教外衣，带有强烈政治色彩，具有反科学、反社会、反人类、反政府性质的犯罪集团。我不知道这个定义的根据何在，但至少可以认为这种表述含糊不清之处太多。首先是反科学，试问世界上哪有什么不反科学的宗教，因为宗教信仰从终极而言必然是与科学相对立的。其次是反社会、反政府，问题是反什么样的社会和什么样的政府？如果是黑暗社会和反动政府，难道不应该反吗？所以真正可以辨别正邪的依据只剩下一个无所不包的反人类，而反人类一词本身应该也是必须有严格界定的。
因此，我不赞同把邪教一词引入宗教性质判断，因为它本来就是一个政治性词语。我更难以苟同把上帝教贬之为邪教，由于夏春涛在《天国的陨落》结束语中已经有详细论析，所以此处不再赘述。
总之，上帝教虽然受基督教很多影响，而且大量利用基督教的许多教义与仪式，然而却很难把它视为基督教的一支，它无非是带有某些基督教色彩的中国土生土长的民间宗教之一。因此，宗教志的基督教篇没有列入上帝教的内容，而通纪同、光朝部分尽可对此详加陈述。
太平天国是中国农民战争史上最为辉煌的篇章，其规模之大，延续之久，政纲、政策乃至多项制度之完备，与军事、政治、经济、文化各方面的建树，在世界各国农民战争史上也极为罕见。这是一笔宝贵的文化遗产，值得清史编纂工作给以足够的重视。
[1] 《国父全集》第2册，台北，1981年，第230页。
[2] 《赵烈文日记》，转引自刘夏生《张謇传记》，上海书店，1985年，第158－第159页。
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